20 марта 2018 года в Общецерковной аспирантуре и докторантуре имени святых равноапостольных Кирилла и Мефодия состоялась встреча председателя Отдела внешних церковных связей Московского Патриархата, ректора ОЦАД, настоятеля Патриаршего Черниговского подворья митрополита Волоколамского Илариона с руководителем Департамента культурного наследия города Москвы Алексеем Емельяновым.
Архипастырь выразил благодарность Правительству Москвы за деятельную помощь в капитальной реставрации Патриаршего Черниговского подворья, практически полностью возрожденного к настоящему моменту после десятилетий запустения.
В ходе беседы обсуждались вопросы взаимодействия Черниговского подворья и Департамента культурного наследия города, в частности, касающиеся еще неотреставрированных зданий подворья.
По благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла во внимание к трудам по восстановлению комплекса Черниговского подворья митрополит Иларион вручил Алексею Емельянову медаль ордена Славы и чести.
***
Храм святых мучеников Михаила и Феодора возведен в память о встрече мощей Черниговских чудотворцев, их честные мощи по повелению царя Ивана IV в 1578 году были перенесены в Москву. Вместе с митрополитом Московским, боярами и простым народом государь встречал мощи на территории современного Патриаршего Черниговского подворья, у стен храма Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором. Место было выбрано не случайно: рядом проходила дорога из Москвы в Золотую Орду, где погибли князь Михаил и боярин Феодор (ныне ― улица Большая Ордынка).
Мощи были положены в храме в честь Черниговских чудотворцев в Кремле, близ Тайницких ворот. В 1774 году по повелению императрицы Екатерины Великой мощи перенесли в Архангельский собор, где они пребывают и поныне.
В память о встрече мощей был возведен сначала деревянный храм в честь Черниговских чудотворцев, первое упоминание о котором относится к 1625 году. Храм приписали к церкви Усекновения главы Иоанна Предтечи под Бором. В 1675 году на средства купчихи Иулиании Ивановны Малютиной на его месте выстроили каменный пятиглавый однопрестольный храм. Этот храм дал название Черниговскому переулку, соединяющему Большую Ордынку и Пятницкую улицы, а также Патриаршему Черниговскому подворью ― одному из самых красивых церковно-культурных комплексов Замоскворечья.
Храмы Черниговского переулка не избежали печальной участи многих храмов и монастырей после революции. Храм Усекновения главы Иоанна Предтечи был закрыт в 1917 году, храм Черниговских чудотворцев ― вскоре после него. С 1924 года в здании храма Черниговских мучеников находился молитвенный дом баптистов, в 1934-1977 годах ― склад.
В 1969 году крупный специалист по истории московских храмов М.Л. Богоявленский так описывал состояние храма святых Михаила и Феодора Черниговских: «Церковь в настоящее время обезглавлена, штукатурка местами отвалилась, колокольня покрашена, позолоты нет. Внутри помещается "Управление продовольственными товарами. Райторготдел Советского района"».
Во второй половине 1970-х годов, когда столица СССР готовилась к приему иностранных гостей в связи с предстоящими Олимпийскими играми 1980 года, в городе проводились масштабные реставрационные работы. Отреставрировали и храмы подворья вместе с отдельно стоящей колокольней в Черниговском переулке. На храме Черниговских мучеников покрыли изумрудной черепицей главы, раскрыли завершение с кокошниками. Стены обоих храмов были оштукатурены и побелены, трапезная и колокольня ― покрашены. Реставрационные работы продолжались вплоть до 1984 года.
Последним владельцем храмов было Министерство промышленности стройматериалов СССР.
В 1991 году храм Черниговских мучеников был возвращен Русской Православной Церкви. 3 октября 1993 года состоялось его освящение.
После передачи в 2010 году Черниговского подворья Общецерковной аспирантуре и докторантуре имени святых Кирилла и Мефодия началась комплексная реставрация храмов и прилегающих к ним зданий.
3 октября 2017 года ректор Общецерковной аспирантуры и настоятель подворья митрополит Волоколамский Иларион совершил в храме Черниговских мучеников первую за почти сто лет Божественную литургию.
11 марта 2018 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил чин великого освящения храма святых мучеников Михаила и Феодора Черниговских Патриаршего Черниговского подворья и возглавил Литургию в новоосвященном храме.
