21 июня, в день обретения мощей святого великомученика Феодора Стратилата, в Зачатьевском ставропигиальном женском монастыре совершается праздничное богослужение по случаю исторического престольного праздника придельного храма во имя святого великомученика Феодора, устроенного по благочестивому желанию царя Феодора Иоанновича в конце восьмидесятых годов XVI века.
В тот период монастырь был уже разорен пожарами, набегами крымских ханов, но монашеская община на месте основания древней девичьей обители продолжала существовать, и память о стоявшем здесь храме в честь Зачатия святой праведной Анны была настолько жива в народе, что боголюбивый царь Феодор, желая рождения наследника, по обету Богу и с благословения святителя Иова, будущего первого Патриарха Русской Церкви, решил вложить средства из царской казны на восстановление монастыря. Его попечением был воздвигнут храмовый комплекс с престолами в честь Зачатия святой праведной Анны, святых великомученика Феодора Стратилата и великомученицы Ирины — небесных покровителей царственной четы, а также отдельный трапезный храм с престолом во имя основателя монастыря — святителя Алексия, митрополита Московского.
Так для Зачатьевского монастыря наступил новый этап расцвета, поскольку щедрый на милостыню царь Феодор Иоаннович не только построил храмы и выделил средства на строительство колокольни, келий и ограды, но и обеспечил ежегодные руги на содержание монахинь — денежные и натуральные — которые обитель получала в течение всего XVII века. Как сказано в жалованной грамоте, «государь царь и великий князь Феодор Иоаннович всея Руссии велел и давати своего государева годового жалованья руги хлебныя по двенадцати четвертей ржи и овса, да денежные руги по два рубля, да по два пуда соли, да по осетру рыбы, да по полусмине гороху, да по полусмине конопель старице на год».
Имена царя-ктитора и его благоверной супруги стали дороги для всех последующих поколений насельниц Зачатьевского монастыря. В современной истории обители, начиная с ее возрождения в начале девяностых годов XX века, память царя Феодора Иоанновича почитается с благоговением и благодарностью, имена государя, царицы Ирины (в иночестве Александры) и их умершей в младенчестве дочери Феодосии вписаны в монастырский синодик. В дни памяти святого великомученика Феодора Стратилата и великомученицы Ирины на Божественной литургии совершается сугубое молитвенное поминовение царственных супругов. В настенной росписи храма Сошествия Святого Духа есть изображение в полный рост благочестивого царя Феодора Иоанновича; он же изображен на Боголюбской иконе Божией Матери в иконостасе Алексиевского придела монастырского Собора среди припадающих к Небесной Царице святителей и князей.
В богослужебных источниках имя святого праведного благоверного царя Феодора Иоанновича включено в список Московских местночтимых святых, упоминается оно и в службе Всех святых, в земле Российской просиявших. Исторически почитание блаженного царя началось вскоре после его кончины. Святитель Иов, первый Патриарх Московский и всея Руси, составил «Повесть о честном житии царя Феодора Иоанновича». С начала XVII века известны иконные изображения царя Феодора в нимбе. В «Книге глаголемой описание о Российских святых» (1-я половина XVII века) царь Феодор поставлен в лике Московских чудотворцев. Его память празднуется в день преставления 20(7) января и в Соборе Московских святых. В настоящее время традиция церковного почитания царя Феодора Иоанновича не возобновлена, однако постепенно восстанавливается историческая память о высоком нравственном облике блаженного царя Феодора, его любви к Церкви, благоговейном почитании церковной иерархии, монашества, о милости к простому народу, а также о его прямом участии в учреждении Патриаршества в Русской Церкви, водворении мира в государстве и расширении его пределов, о других трудах на благо Церкви и Отечества. Это открывает путь для более глубокого изучения сохранившихся памятников о времени правления и образе жизни благоверного царя, о его почитании в Русской Церкви — с целью подготовки материалов для возможного восстановления его церковного почитания в лике святых.
Некоторые исторические свидетельства о жизни царя Феодора Иоанновича:
Историк и философ С.М. Соловьев в «Истории России с древнейших времен» описывает обычный распорядок дня государя так: «Обыкновенно встает он около четырех часов утра. Когда оденется и умоется, приходит к нему отец духовный с крестом, к которому царь прикладывается. Затем крестовый дьяк вносит в комнату икону святого, празднуемого в тот день, перед которой царь молится около четверти часа. Входит опять священник со святою водой, кропит ею иконы и царя. Возвратясь из церкви, царь садится в большой комнате, куда являются на поклон бояре, находящиеся в особенной милости… Около девяти часов царь едет к обедне, которая продолжается два часа. После обеда и сна едет к вечерне… Каждую неделю царь отправляется на богомолье в какой-нибудь из ближайших монастырей».
Современник и близкий ко двору государя князь И.М. Катырев-Ростовский сказал о государе: «Благоюродив бысть от чрева матери своея и ни о чем попечения имея, токмо о душевном спасении». По его свидетельству, в царе Феодоре «мнишество бысть с царствием сплетено без раздвоения и одно служило украшением другому». Известный историк В.О. Ключевский писал о святом Феодоре: «…блаженный на престоле, один из тех нищих духом, которым подобает Царство Небесное, а не земное, которых Церковь так любила заносить в свои святцы».