28 января 2019 года наместник Данилова ставропигиального мужского монастыря архимандрит Алексий (Поликарпов) совершил в обители заупокойное богослужение по старейшему насельнику монастыря схиигумену Рафаилу (Шишкову) на 40-й день после его кончины.
В монастырском храме святых отцов семи Вселенских Соборов архимандриту Алексию сослужили архимандрит Даниил (Воронин) с братией монастыря в священном сане.
За панихидой молились духовные чада батюшки, его родные и близкие.
По окончании панихиды ее участники посетили могилу старца, где молитвенно помянули приснопамятного батюшку за панихидой, которую отслужил архимандрит Даниил (Воронин).
Приснопоминаемый схиигумен Рафаил (Шишков) похоронен на кладбище подворья Данилова монастыря в с. Долматове.