14 марта 2004 года Предстоятель Русской Православной Церкви принял участие в голосовании на выборах Президента Российской Федерации и советников муниципальных собраний. Для этого в Патриаршую резиденцию в Чистом переулке прибыли представители участковой избирательной комиссии 2556 (Университетский избирательный округ).
По завершении голосования Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II обратился к журналистам, напомнив об ответственности выбора, который в этот день делают граждане Российской Федерации
«Сегодня очень важный, ответственный день, — отметил Его Святейшество. — Я надеюсь, что россияне сделают правильный выбор, и будут судить о тех кандидатах, за которых сегодня голосует наша страна, по их делам».
Святейший Патриарх сообщил, что по завершении богослужения Крестопоклонной Недели он призвал всех верующих, которые были в этот день в храме, исполнить свой гражданский долг, «ибо все должны осознавать, что от нашего выбора зависит будущее страны. Россия для всех нас является Отчизной, и мы все — сыны и дочери нашей Родины».
«Каждый гражданин: верующий и неверующий, молодой и пожилой, — все должны принять участие в голосовании. Каждый должен совершить свое волеизъявление, отдать свой голос за того кандидата, который, по его мнению, достоин стоять во главе России в следующие четыре года».
Отвечая на вопрос о якобы имевшем место во время выборов ограничении доступа иностранцев в храмы и монастыри Русской Православной Церкви, Святейший Патриарх Алексий опроверг подобные утверждения, также отметив: «Сегодня после богослужения я принимал в алтаре Храма Христа Спасителя российских и зарубежных участников международной конференции «Социальное учение Православия в современном обществе», организованной германским Фондом имени Конрада Аденауэра в сотрудничестве с Отделом внешних церковных связей Московского Патриархата, Церковно-научным центром «Православная энциклопедия» и Синодальной богословской комиссией Русской Православной Церкви. Я пожелал успехов прибывшим из разных стран участникам предстоящей конференции».